Kvalitetno obrađivati zemljište za soju, izabrati dobro seme soje (preparati za tretman semena), prihranjivati đubrivima soju (folijarna đubriva), potom ručno čuvati i pratiti rast soje, koristiti razne preparate i prskati soju (herbicidi, fungicidi, insekticidi) koji utiču na sve bolesti, korove, insekte, samo su neki od načina kako zaštititi soju i dobiti optimalne rezultate.

Neke od bolesti, štetočina, korova soje za koje je potrebna zaštita:

Plamenjača soje (Peronospora manshurica), Crna pegavost soje (Septoria glycines), Ambrozija u soji (Ambrosia artemisiifolia), Broćika ili prilepuša u soji (Galium aparine), Bulka ili divlji mak u soji (Papaver rhoeas), Čičak ili obična boca u soji (Xanthium strumarium), Divlji ovas u soji (Avena fatua), Divlji sirak ili koštan u soji (Sorghum halepense), Štir u soji (Amaranthus retroflexus), Grinje (pregljevi) u soji, Stričkov šarenjak u soji, Zelena povrtna stenica u soji.