Kvalitetno obrađivati zemljište za šargarepu, izabrati dobro seme šargarepu (preparati za tretman semena), prihranjivati đubrivima šargarepu (folijarna đubriva), potom ručno čuvati i pratiti rast šargarepe, koristiti razne preparate i prskati šargarepu (herbicidi, fungicidi, insekticidi) koji utiču na sve bolesti, korove, insekte, samo su neki od načina kako zaštititi šargarepu i dobiti optimalne rezultate.

Neke od bolesti, štetočina, korova šargarepe (mrkve) za koje je potrebna zaštita:

Sivomrka pegavost lista mrkve (Cercospora carotae), Pepelnica mrkve (Erysiphe helracei), Crna pegavost mrkve (Alternaria radicina), Puževi u šargarepi.