Kvalitetno obrađivati zemljište za crni luk, izabrati dobro seme crnog luka (preparati za tretman semena), prihranjivati đubrivima crni luk (folijarna đubriva), potom ručno čuvati i pratiti rast crnog luka, koristiti razne preparate i prskati crni luk (herbicidi, fungicidi, insekticidi) koji utiču na sve bolesti, korove, insekte, samo su neki od načina kako zaštititi crni luk i dobiti optimalne rezultate.

Neke od bolesti, štetočina, korova crnog luka za koje je potrebna zaštita:

Plamenjača luka (Peronospora destructor), Lukova muva, Lukov surlaš, Puževi u crnom luku.